اساتید راهنما:                   
دکتر غلامعلی رنجبر
دکتر قربانعلی نعمت زاده
 
استاد مشاور:
دکتر غفار کیانی
 
شهریور 1389
برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

چکیده:

 

وجود رنگدانه­های آنتوسیانین در برنج عامل اصلی تولید پایه ساقه ارغوانی رنگ محـسوب می­شود. رنگ پایه ساقه در برنج رابطه مستقیم و قوی با تشکیل دانه­های رنگی در برنج دارد که در زیر پوسته آنها به دلیل تراکم متفاوت رنگیزه­های آنتوسیانین در لایه­های مختلف پریکارپ، پوشش دانه و آلورون، رنگ­های سرخ، ارغوانی و سیاه مشاهده می­شود. بمنظور درک درست از مسیر بیوسنتزی آنتوسیانین که اطلاعات مفیدی را در زمینه بیولوژی مولکولی و ژنتیک برنج به همراه خواهد داشت، الگوی تفرق ژن رنگ پایه ساقه با استفاده از تعداد 123 تک بوته از جمعیتF2  حاصل از تلاقی 18-33 – DN و ندا مورد مطالعه قرار گرفت.  ارزیابی تک بوته­های  F2 بر اساس رنگ پایه ساقه نشان داد تعداد 83 بوته رنگی (ارغوانی) و تعداد 40 بوته بی­رنگ تولید شده نسبت تفرق 1 :075/2 را ایجاد می­نماید. آماره c2 این نسبت تفرق برابر 48/3 بود که از نسبت تفکیک  3:1 اختلاف معنی داری را نشان نداد (95/0p < ). در نتیجه ثابت شد که صفت مورد نظر از سیستم کنترل تک ژنی تبعیت می­نماید. مطالعات انجام شده با استفاده از 59 نشانگر مولکولی میکروساتلیت میزان 28 درصد چند شکلی بین والدین را نشان داد و آنالیز پیوستگی روی تک بوته­های مغلوب جمعیت F2 از تلاقی ندا × 18-33 –   DNثابت کرد که ژن رنگ پایه ساقه بر روی بازوی کوتاه کروموزوم شماره 6 برنج با نشانگرRM253 که در فاصله 15 سانتی مورگان از ژن قرار دارد همبسته می باشد.

 

واژه­های كلیدی:

برنج، رنگ ساقه، نشانگر­های SSR.

 

 

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                                                             صفحه

 فصل اول

مقدمه

1-1- تولیدکنندگان برنج.. 2

1-2- کشت برنج در ایران.. 2

1-3- متابولیت­های ثانویه درگیاهان.. 3

1-4- تهیه نقشه­های ژنتیک… 4

 

فصل دوم

کلیات و مرورمنابع

2-1- مشخصات گیاهشناسی برنج.. 7

2-2- وضعیت ژنتیکی برنج.. 7

2-3- مهندسی تولید متابولیت­های ثانویه درگیاهان.. 8

2-4- ژن­های مسئول بیوسنتز فلاوونوئیدها و آنتوسیانین­ها 9

2-5- برنج رنگی.. 11

2-6- نشانگرها در برنامه­های اصلاحی.. 12

2-6-1- تعریف نشانگر. 12

2-6-2- انواع نشانگرها 13

2-6-2-1- نشانگرهای موفولوژیکی.. 13

2-6-2-2- نشانگرهای سیتوژنتیکی.. 13

2-6-2-3- نشانگرهای بیوشیمیایی.. 14

2-6-2-4- نشانگرهای مولکولی.. 14

2-6-2-4-1- نشانگرهای مولکولی مبتنی بر DNA 15

2-6-2-4-1-1- نشانگر­های مولکولی مبتنی بر هیبریداسیون.. 15

2-6-2-4-1-2- نشانگر­های مولکولی مبتنی بر واکنش زنجیره­ای پلیمراز 16

2-6-2-4-1-3- نشانگرهای مولکولی مبتنی بر PCR و هیبریداسیون.. 16

2-6-2-4-1-4- نشانگرهای مبتنی بر توالی­یابی (SNPها) و تراشه DNA.. 17

2-7- کاربرد نشانگرهای مولکولی.. 17

2-8- انتخاب میان انواع مختلف نشانگرها 19

2-9- کاربرد نشانگرهای مولکولی در برنج.. 19

2-10- انتخاب به کمک نشانگرها 21

2-11- استفاده از نشانگرهای مولکولی درتهیه نقشه ژنتیکی.. 21

2- 12- ریزماهواره 22

2-12-1- تشخیص آلل­های ریزماهواره 24

2-12-2- مزایای نشانگرهای ریزماهواره 24

2-12-3- مشکلات کار با ریزماهواره 25

2-12-3-1- اشتباهات آلل خوانی.. 25

2-12-3-2- آلل­های صفر. 26

         2-12-3-3- اندازه نمونه مورد نیاز 26

2-12-4- ریزماهواره­ها درگیاهان و برنج.. 27

2-12-5- کاربردهای ریزماهواره 28

2-13- نقشه­های پیوستگی ژنتیکی.. 28

2-14- ویژگی­های نقشه. 29

2-15- سابقه نقشه یابی صفت رنگ دربرنج.. 30

2-15-1- ارتباط بین رنگ پریکارپ وصفت گلوتیوز 33

2-15-2- توارث رنگ نوک دانه و ارتباط آن با صفات دیگر. 33

2-15-3- روابط بین رنگ کلاله با صفات دیگر. 34

2-15-4- ارتباطات بین رنگ پوشبرگ و صفات دیگر. 34

2-15-5- ارتباط بین رنگ کلاله و رنگ پوشبرگ… 35

2-15-6- ارتباط بین رنگ زبانک با صفات دیگر. 35

2-15-7- ارتباطات بین رنگ زبانک و رنگ پریکارپ.. 35

2-15-8- نشاندار کردن ژن­های مهم اقتصادی و انتخاب به کمک نشانگر (همراه) 36

2-15-9- مطالعه ژنتیکی و نشاندارکردن ژن صفت رنگ در برنج.. 37

فصل سوم

مواد و روشها

3-1- مواد گیاهی.. 41

3-1-1- رقم 18-33DN- 41

3-1- 2- رقم ندا 42

3-2- کشت والدین و جمعیت F2 43

3-3- تهیه نمونه برگی.. 43

3-4- ارزیابی صفت… 44

3-5- استخراج DNA 44

3-5-1- روش استخراج DNA.. 45

3-6- بررسی کمیت و کیفیت DNA استخراج شده 49

3-6-1- ازطریق اسپکتروفتومتر. 49

3-6-2- به وسیله الکتروفورز ژل آگارز 49

3-7- بارگذاری نمونه­ها و اجرای الکتروفورز 50

3-8- آماده سازی آغازگرهای ریزماهواره 51

3-9- انجام واکنش PCR.. 53

3-10- تجزیه وتحلیل داده ها 54

 

فصل چهارم

نتایج و بحث

4-1- ارزیابی فنوتیپی.. 57

4-2- ارزیابی مولکولی.. 58

4-2-1- غربال والدین.. 58

4-2-2- تحلیل لینکاژ 60

4-3- ارزیابی نشانگر RM253 در ارقام دیگر برنج.. 64

 

فصل پنجم

پیشنهادات.. 68

 

منابع   70

 

ضمائم

لیست پرایمرهای بکار رفته در پژوهش…. 79

تهیه محلول­های مادری.. 81

ماتریس داده­های مولکولی و فنوتیپی.. 83

 

چکیده انگلیسی

 

فهرست شکل­ها

عنوان                                                                                                                                       صفحه

شکل 3-1. لاین 18-13-DN.. 41

شکل 3-2. والد 18-13-DN با پایه ساقه سبز رنگ…. 42

شکل 3-3. لاین ندا 42

شکل 3-4. والد ندا با پایه ساقه ارغوانی رنگ…. 43

شکل3-5. عملیات نمونه برداری از نمونه­های برگی برنج دو هفته پس از نشاء. 44

شکل 3-6. پودر کردن نمونه­های برگی با استفاده از ازت مایع.. 46

شکل 3-7. سانتریفیوژ کردن نمونه­ها 47

شکل 3-8. تشکیل سه فاز مشخص پس از افزودن کلروفرم و جدا نمودن فاز رویی.. 47

شکل 3-9. تشکیل کلاف DNA پس از مصرف ایزوپروپانول.. 48

شکل 3-10. افزودن TE به رسوب DNA و نگهداری آنها در فریزر 20-. 48

شکل 3-11 . بارگذاری نمونه ها در ژل آگارز. 51

شکل3-12 . نمونه هایی ازDNA ژنومی که به روشCTAB استخراج شده است. 52

شکل3-13. عملیات انجام PCR 54

شکل 4-1. الگوی نواربندی بین والدین مورد مطالعه با تعدادی از نشانگرهایSSR مورد مطالعه. 60